#!/bin/csh
source ~/R/packages/common.csh

limit cputime 90m
setenv _R_CHECK_ELAPSED_TIMEOUT_ 45m
setenv _R_CHECK_DEPENDS_ONLY_DATA_ true

setenv _R_S3_METHOD_LOOKUP_BASEENV_AFTER_GLOBALENV_ true
#setenv _R_CHECK_AUTOCONF_ true
setenv _R_CHECK_THINGS_IN_CHECK_DIR_ true
setenv _R_CHECK_THINGS_IN_TEMP_DIR_ true
setenv _R_CHECK_THINGS_IN_TEMP_DIR_EXCLUDE_ "^ompi"
setenv _R_CHECK_DONTTEST_EXAMPLES_ true
setenv _R_CHECK_BOGUS_RETURN_ true
setenv _R_CHECK_MATRIX_DATA_ TRUE
setenv _R_CHECK_THINGS_IN_OTHER_DIRS_ true
setenv _R_CHECK_THINGS_IN_OTHER_DIRS_EXCLUDE_ '@~/exclude'

setenv R_LIBS ~/R/test-dev:~/R/test-BioCdata

foreach f ($*)
~/R/R-devel/bin/R CMD check --as-cran $f
end