#!/bin/csh
setenv DISPLAY :5
limit cputime 60m
limit stacksize 20M
setenv OMP_THREAD_LIMIT 2

setenv _R_CHECK_FORCE_SUGGESTS_ false
setenv LC_CTYPE en_GB.utf8
setenv MYSQL_USER ripley
setenv POSTGRES_USER ripley
setenv POSTGRES_DATABASE ripley
setenv RMPI_INCLUDE /usr/include/openmpi-x86_64
setenv RMPI_LIB_PATH /usr/lib64/openmpi/lib
setenv RMPI_TYPE OPENMPI
setenv R_BROWSER false
setenv R_PDFVIEWER false
setenv _R_CHECK_INSTALL_DEPENDS_ true
#setenv _R_CHECK_SUGGESTS_ONLY_ true
setenv _R_CHECK_DOC_SIZES2_ true
#setenv R_C_BOUNDS_CHECK yes
setenv _R_CHECK_DEPRECATED_DEFUNCT_ true
setenv _R_CHECK_CODE_ASSIGN_TO_GLOBALENV_ true
#setenv _R_CHECK_CODE_ATTACH_ true
setenv _R_CHECK_CODE_DATA_INTO_GLOBALENV_ true
setenv _R_CHECK_RD_LINE_WIDTHS_ true
setenv _R_CHECK_FF_CALLS_ registration
setenv _R_CHECK_SCREEN_DEVICE_ warn
setenv _R_CHECK_REPLACING_IMPORTS_ true
setenv _R_CHECK_TOPLEVEL_FILES_ true
setenv _R_CHECK_DOT_FIRSTLIB_ true
setenv _R_CHECK_VIGNETTES_SKIP_RUN_MAYBE_ true
setenv _R_CHECK_CODE_USAGE_WITH_ONLY_BASE_ATTACHED_ false
setenv _R_CHECK_THINGS_IN_TEMP_DIR_ true
setenv _R_CHECK_THINGS_IN_TEMP_DIR_EXCLUDE_ "^ompi.gannet"

setenv _R_CHECK_COMPILATION_FLAGS_KNOWN_ "-Werror=implicit-function-declaration -Wno-strict-prototypes -Wno-error=enum-constexpr-conversion"

setenv _R_CHECK_ALWAYS_LOG_VIGNETTE_OUTPUT_ true
setenv _R_CHECK_VIGNETTES_NLINES_ 0
setenv _R_CHECK_TESTS_NLINES_ 0

setenv _R_CHECK_ELAPSED_TIMEOUT_ 90m
setenv _R_CHECK_INSTALL_ELAPSED_TIMEOUT_ 0

#setenv _R_CHECK_EXIT_ON_FIRST_ERROR_ true
setenv UBSAN_OPTIONS 'print_stacktrace=1'
setenv RJAVA_JVM_STACK_WORKAROUND 0
setenv RGL_USE_NULL true
setenv R_DONT_USE_TK true

setenv WNHOME /usr/share/wordnet-3.0

setenv JAGS_LIB /usr/local/clang/lib64
setenv PKG_CONFIG_PATH /usr/local/clang/lib64/pkgconfig:/usr/local/lib64/pkgconfig:/usr/lib64/pkgconfig
## for protoc
set path=(/usr/local/clang/bin $path)

setenv R_LIBS ~/R/test-clang:~/R/test-BioCdata
setenv R_MAKEVARS ~/.R/Makevars.UBSAN

foreach f ($*)
env R_MAKEVARS_USER=${R_MAKEVARS} Rclang CMD check --extra-arch --no-stop-on-test-error $f
end