#!/bin/csh
setenv R_CRAN_WEB http://cran.r-project.org
setenv DISPLAY :5
setenv _R_CHECK_CRAN_INCOMING_ true
setenv _R_CHECK_FORCE_SUGGESTS_ FALSE
setenv _R_CHECK_VC_DIRS_ TRUE
setenv _R_CHECK_UNSAFE_CALLS_ TRUE
setenv _R_CHECK_TIMINGS_ 10
setenv _R_CHECK_INSTALL_DEPENDS_ TRUE
setenv _R_CHECK_SUGGESTS_ONLY_ TRUE
setenv _R_CHECK_NO_RECOMMENDED_ TRUE
setenv _R_CHECK_SUBDIRS_NOCASE_ TRUE
setenv _R_CHECK_EXECUTABLES_EXCLUSIONS_ false
setenv _R_CHECK_ALWAYS_LOG_VIGNETTE_OUTPUT_ true
setenv _R_CHECK_DOC_SIZES2_ true
setenv _R_CHECK_XREFS_USE_ALIASES_FROM_CRAN_ true
setenv R_C_BOUNDS_CHECK yes
setenv _R_CHECK_CRAN_INCOMING_USE_ASPELL_ true
setenv _R_CHECK_WARN_ON_NAMESPACE_ true
setenv _R_CHECK_CODE_ASSIGN_TO_GLOBALENV_ true
setenv _R_CHECK_CODE_ATTACH_ true
setenv _R_CHECK_RD_LINE_WIDTHS_ true
setenv _R_CHECK_SRC_MINUS_W_IMPLICIT_ yes
setenv _R_CHECK_EXIT_ON_FIRST_ERROR_ true
setenv _R_CHECK_NATIVE_ROUTINE_REGISTRATION_ true

setenv _R_CHECK_CRAN_STATUS_SUMMARY_ true
#setenv R_MAKEVARS_USER ~/.R/Makevars.clang
setenv _R_CHECK_DONTTEST_EXAMPLES_ false

setenv _R_CHECK_COMPILATION_FLAGS_KNOWN_ "-Werror=implicit-function-declaration -Wno-strict-prototypes -Wno-error=enum-constexpr-conversion -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=3"

setenv R_LIBS ~/R/test-clang:~/R/test-BioCdata

setenv RMPI_INCLUDE /usr/include/openmpi-x86_64
setenv RMPI_LIB_PATH /usr/lib64/openmpi/lib
setenv RMPI_TYPE OPENMPI
setenv R_BROWSER false
setenv R_PDFVIEWER false

setenv JAGS_LIB /usr/local/clang/lib64
setenv PKG_CONFIG_PATH /usr/local/clang/lib64/pkgconfig:/usr/local/lib64/pkgconfig:/usr/lib64/pkgconfig
set path=(/usr/local/clang/bin $path)

foreach f ($*)
~/R/R-clang/bin/R CMD check --as-cran $f
end