stoplist <- c(# recommended "KernSmooth", "MASS", "Matrix", "boot", "class", "cluster", "codetools", "foreign", "lattice", "mgcv", "nlme", "nnet", "rpart", "spatial", "survival", # Missing external software "CARrampsOcl", "OpenCL", "RcppOctave", "RDieHarder", "RMongo", "ROAuth", "ROracle", "RSAP", "Rcplex", "RcppRedis", "cplexAPI", "gpuR", "localsolver", "ora", "rLindo", "rmongodb", "rzmq", "CARramps", "HiPLARM", "WideLM", "cudaBayesreg", "gmatrix", "gputools", "iFes", "magma", "permGPU", "rpud", # cuda "qtbase", "qtpaint", "qtutils", "ProgGUIinR", # qt "bcool", "doRNG", "simsalapar", # mpi "Rmosek", "REBayes", # "cqrReg", "nFCA", # Ruby # "rchallenge", # pandoc "maGUI", "deconstructSigs", # too many BioC deps # Unix-only (and undeclared) "OmicKriging", "PopGenome", "RProtoBuf", "Rdsm", "SGP", "cit", "doMC", "fdasrvf", "gemmR", "gpmap", "JAGUAR", "PAGWAS", "dcGOR", "ptycho", # doMC # don't work "excel.link", # RDCOMClient "RWinEdt", # needs Rgui "rJavax", # horrible Java things "SACOBRA", "Storm", # runs forever "caRpools", "nbconvertR", "Rblpapi", "switchr", "switchrGist", "rcrypt", "parallelize.dynamic", "translate", "RCMIP5" ) biarch <- c("PKI", "RSclient", "R2SWF", "compLasso", "icd9") multi <- c("BayesXsrc", "C50", "Cairo", "Cubist", "FastRWeb", "GWAtoolbox", "JavaGD", "RCA", "RCurl", "RInside", "RJSONIO", "RMySQL", "RPostgreSQL", "Rserve", "Rssa", "RxODE", "SWATmodel", "dbarts", "excursions", "gaselect", "jsonlite", "maps", "ore", "rJava", "rgl", "tth") extras <- c("XMLRPC", "yags", "INLA")