#!/bin/csh setenv R_CRAN_WEB http://cran.r-project.org setenv DISPLAY :5 setenv _R_CHECK_CRAN_INCOMING_ true setenv _R_CHECK_FORCE_SUGGESTS_ FALSE setenv _R_CHECK_VC_DIRS_ TRUE setenv _R_CHECK_UNSAFE_CALLS_ TRUE setenv _R_CHECK_TIMINGS_ 10 setenv _R_CHECK_INSTALL_DEPENDS_ TRUE setenv _R_CHECK_SUGGESTS_ONLY_ TRUE setenv _R_CHECK_NO_RECOMMENDED_ TRUE setenv _R_CHECK_SUBDIRS_NOCASE_ TRUE setenv _R_CHECK_EXECUTABLES_EXCLUSIONS_ false setenv _R_CHECK_ALWAYS_LOG_VIGNETTE_OUTPUT_ true setenv _R_CHECK_DOC_SIZES2_ true setenv _R_CHECK_XREFS_USE_ALIASES_FROM_CRAN_ true setenv R_C_BOUNDS_CHECK yes setenv _R_CHECK_CRAN_INCOMING_USE_ASPELL_ true setenv _R_CHECK_WARN_ON_NAMESPACE_ true setenv _R_CHECK_CODE_ASSIGN_TO_GLOBALENV_ true setenv _R_CHECK_CODE_ATTACH_ true setenv _R_CHECK_RD_LINE_WIDTHS_ true setenv _R_CHECK_SRC_MINUS_W_IMPLICIT_ yes setenv _R_CHECK_EXIT_ON_FIRST_ERROR_ true setenv _R_CHECK_NATIVE_ROUTINE_REGISTRATION_ true setenv _R_CHECK_CRAN_STATUS_SUMMARY_ true #setenv R_MAKEVARS_USER ~/.R/Makevars.clang setenv _R_CHECK_DONTTEST_EXAMPLES_ false setenv _R_CHECK_COMPILATION_FLAGS_KNOWN_ "-Werror=implicit-function-declaration -Wno-strict-prototypes -Wno-error=enum-constexpr-conversion -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=3" setenv R_LIBS ~/R/test-clang setenv RMPI_INCLUDE /usr/include/openmpi-x86_64 setenv RMPI_LIB_PATH /usr/lib64/openmpi/lib setenv RMPI_TYPE OPENMPI setenv R_BROWSER false setenv R_PDFVIEWER false setenv JAGS_LIB /usr/local/clang/lib64 setenv PKG_CONFIG_PATH /usr/local/clang/lib64/pkgconfig:/usr/local/lib64/pkgconfig:/usr/lib64/pkgconfig set path=(/usr/local/clang/bin $path) foreach f ($*) ~/R/R-clang/bin/R CMD check --as-cran $f end