#!/bin/csh
setenv DISPLAY :5
setenv OMP_THREAD_LIMIT 2

limit cputime 30m
limit stacksize 20M

setenv _R_CHECK_FORCE_SUGGESTS_ false
setenv LC_CTYPE en_GB.UTF-8
#setenv MYSQL_USER ripley
#setenv POSTGRES_USER ripley
#setenv POSTGRES_HOST localhost
#setenv POSTGRES_DATABASE ripley
setenv RMPI_INCLUDE /usr/include/openmpi-x86_64
setenv RMPI_LIB_PATH /usr/lib64/openmpi/lib
setenv RMPI_TYPE OPENMPI
setenv R_BROWSER false
setenv R_PDFVIEWER false
setenv _R_CHECK_INSTALL_DEPENDS_ true
#setenv _R_CHECK_SUGGESTS_ONLY_ true
setenv _R_CHECK_NO_RECOMMENDED_ true
setenv _R_CHECK_DOC_SIZES2_ true
#setenv R_C_BOUNDS_CHECK yes
setenv _R_CHECK_DEPRECATED_DEFUNCT_ true
setenv _R_CHECK_CODE_ASSIGN_TO_GLOBALENV_ true
#setenv _R_CHECK_CODE_ATTACH_ true
setenv _R_CHECK_CODE_DATA_INTO_GLOBALENV_ true
setenv _R_CHECK_RD_LINE_WIDTHS_ true
setenv _R_CHECK_FF_CALLS_ registration
setenv _R_CHECK_COMPILATION_FLAGS_ true
setenv _R_CHECK_SCREEN_DEVICE_ warn
setenv _R_CHECK_S3_METHODS_NOT_REGISTERED_ true
setenv _R_CHECK_VIGNETTES_SKIP_RUN_MAYBE_ true
setenv _R_CHECK_VIGNETTES_NLINES_ 10000
setenv _R_CHECK_TESTS_NLINES_ 0
setenv _R_CHECK_PACKAGES_USED_IN_TESTS_USE_SUBDIRS_ true
setenv _R_CHECK_SHLIB_OPENMP_FLAGS_ true
setenv _R_CHECK_COMPILATION_FLAGS_KNOWN_ "-Wno-deprecated-declarations -Wno-ignored-attributes -Wno-parentheses -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2"

setenv _R_CHECK_ELAPSED_TIMEOUT_ 45m
setenv _R_CHECK_INSTALL_ELAPSED_TIMEOUT_ 0
#setenv _R_CHECK_BUILD_VIGNETES_ELAPSED_TIMEOUT_ 45m

setenv _R_CHECK_LENGTH_1_CONDITION_ package:_R_CHECK_PACKAGE_NAME_,abort,verbose
setenv _R_S3_METHOD_LOOKUP_BASEENV_AFTER_GLOBALENV_ true
setenv _R_CHECK_AUTOCONF_ true
setenv _R_CHECK_THINGS_IN_TEMP_DIR_ true
setenv _R_CHECK_THINGS_IN_TEMP_DIR_EXCLUDE_ "^ompi"

set path = (/data/blackswan/ripley/extras/bin $path)

setenv WNHOME /usr/share/wordnet-3.0

setenv _R_CHECK_LIMIT_CORES_ true
setenv MC_CORES 2

setenv R_CRAN_WEB file:///data/blackswan/ripley/R

if ($#argv >= 1) then
set J=$1
else
set J=12
endif

nohup make -j $J -k check >&! check_log