#!/bin/csh
setenv DISPLAY :5
setenv LC_CTYPE en_GB.UTF-8
setenv TMPDIR ~/R/packages/BioC/3.13/tmp
limit cputime 30m
limit stacksize 20M
setenv R_LIBS ~/R/BioC-3.13
setenv _R_CHECK_DEPRECATED_DEFUNCT_ true
#setenv R_C_BOUNDS_CHECK yes
setenv _R_CHECK_S3_METHODS_NOT_REGISTERED_ true
setenv _R_CHECK_PRAGMAS_ true
setenv _R_CHECK_COMPILATION_FLAGS_ true
setenv _R_CHECK_PACKAGES_USED_IN_TESTS_USE_SUBDIRS_ true
setenv _R_CHECK_SHLIB_OPENMP_FLAGS_ true

setenv _R_CHECK_VIGNETTES_NLINES_ 0
setenv _R_CHECK_TESTS_NLINES_ 0

setenv _R_CHECK_ELAPSED_TIMEOUT_ 45m
setenv _R_CHECK_INSTALL_ELAPSED_TIMEOUT_ 0

setenv _R_CHECK_VIGNETTES_SKIP_RUN_MAYBE_ true

setenv _R_S3_METHOD_LOOKUP_BASEENV_AFTER_GLOBALENV_ true 
setenv _R_CHECK_AUTOCONF_ true
setenv _R_CHECK_COMPILATION_FLAGS_KNOWN_ "-Wno-deprecated-declarations -Wno-ignored-attributes -Wno-parentheses -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2"
setenv _R_CHECK_THINGS_IN_CHECK_DIR_ true
setenv _R_CHECK_THINGS_IN_TEMP_DIR_ true

set path = ($path /data/blackswan/ripley/extras/bin)

if ($#argv >= 1) then
set J=$1
else
set J=12
endif

nohup make -j $J -k check >&! check_log