stoplist <- c("rggobi", "PKgraph", "beadarrayMSV", "clusterfly", "SeqGrapheR", "Rcell", "RockFab", "gitter", "metagear", "bioimagetools", "nucim", "ggimage", "autothresholdr", "hexSticker",# EBImage "MSeasy", "MSeasyTkGUI", "specmine", "CorrectOverloadedPeaks", "MetaSKAT", # little-endian only "RMySQL", "TSMySQL", "dbConnect", "Causata", "compendiumdb", "wordbankr", "gmDatabase", "MetaIntegrator", "toxboot", "mdsr", "BRugs", "CARrampsOcl", "GridR", "OpenCL", "gpuR", "RBerkeley", "RDieHarder", "RMark", "RMongo", "ROracle", "RProtoBuf", "RQuantLib", "RVowpalWabbit", "RcppRedis", "Rcplex", "ROI.plugin.cplex", "Rhpc", "RiDMC", "Rmosek", "VBmix", "cmprskContin", "cplexAPI", "cudaBayesreg", "gputools", "gmatrix", "magma", "permGPU", "qtbase", "qtpaint", "qtutils", "rmongodb", "rpvm", "Rpoppler", "Rsymphony", "ROI.plugin.symphony", "fPortfolio", "BLCOP", "RcppOctave", "HiPLARM", "RAppArmor", "RSAP", "REBayes", "ora", "permGPU", "rLindo", "Rrdrand", "localsolver", "Boom", "BoomSpikeSlab", "bsts", "iFes", "rSPACE", "nFCA", "RcppAPT", "multimark", "h5", "iptools", "caRpools", "Rblpapi", "PythonInR", "Goslate", "sodium", "maGUI", "homomorpheR", "littler", "rsvg", "deconstructSigs", "GiNA", "multipanelfigure", "gkmSVM", "ionicons", "miscF", "agRee", "PottsUtils", "Sky", "remoter", "redland", "pdftools", "pdfsearch", "textreadr", "goldi", "MonetDBLite", "rbi", "IRATER", "textTinyR", "datapack", "dataone", "recordr", "tcpl", "magick", "PharmacoGx", "gpg", "tesseract", "rlo", "enviGCMS", "sybilSBML", "corehunter", "msgtools", "ForestTools", "WebGestaltR", "rpg", "kerasR", "V8", "minimist", "js", "rjade", "daff", "muir", "lawn", "geojsonio", "repijson", "rgbif", "spocc", "spoccutils", "rchess", "mapr", "DiagrammeRsvg", "dagitty", "randomcoloR", "curlconverter", "DOT", "jsonvalidate", "geojsonlint", "rmapshaper", "uaparserjs", "colormap", "fdq", "jpmesh", "jpndistrict", "jsonld", "gfer", "tmaptools", "tmap", "wallace", "cdcfluview") WindowsOnly <- c("BiplotGUI", "MDSGUI", "R2MLwiN", "R2PPT", "R2wd", "RInno", "RPyGeo", "RWinEdt", "TinnR", "blatr", "excel.link", "installr", "spectrino", "taskscheduleR") stoplist <- c(stoplist, WindowsOnly, "feather", # little-endian only "microbenchmark", "timeit", "BayesXsrc", "R2BayesX") fakes <- "ROracle" recommended <- c("KernSmooth", "MASS", "Matrix", "boot", "class", "cluster", "codetools", "foreign", "lattice", "mgcv", "nlme", "nnet", "rpart", "spatial", "survival") gcc <- c("BayesXsrc", "ElectroGraph", "GWAtoolbox", "LCMCR", "LDExplorer", "MCMCpack", "MasterBayes", "OpenMx", "PKI", "PReMiuM", "RGtk2", "RJSONIO", "RSclient", "Ratings", "Rcpp", "STARSEQ", "TDA", "bayesSurv", "bigalgebra", "biganalytics", "bigmemory", "bigtabulate", "chords", "cldr", "dpmixsim", "fbati", "fts", "gdsfmt", "glasso", "glmnet", "gnmf", "gof", "intervals", "mRm", "medSTC", "mixcat", "phcfM", "phreeqc", "rbamtools", "rcppbugs", "repfdr", "rpf", "smoothSurv", "sparsenet", "tgp", "RJSONIO", "protViz", "SKAT", "climdex.pcic", "HDPenReg", "FunChisq", "DPpackage", "mapfit", "rgdal", "readxl", "icenReg", "mvabund", "stream", "FCNN4R", "Rsomoclu", "TMB", "funcy", "brms", "BMRV", "nimble", "RcppParallel") ## avoid issues with __F95_sign gcc <- c(gcc, "deSolve", "fGarch", "quadprog", "quantreg", "robustbase", "svd", "limSolve", "nleqslv") ## rstan gcc <- c(gcc, "prophet") ## ODS 12.5 gcc <- c(gcc, "rgeos") Sys.setenv("OPENSSL_INCLUDES" = "/opt/csw/include", CURL_INCLUDES = "/opt/csw/include", "V8_INCLUDES" = "/opt/csw/include")